L'incubation consiste à placer un échantillon dans une chambre à température contrôlée pour que l'application se développe. Les incubateurs standard à convection naturelle et forcée sont principalement utilisés en microbiologie. Pour la culture cellulaire, on utilise des incubateurs à CO2, dans lesquels d'autres paramètres sont contrôlés, comme la concentration de CO2, l'humidité et parfois la concentration d'O2. Pour les applications de fermentation à l'échelle du laboratoire, on utilise généralement des incubateurs à agitation. Les incubateurs à agitation créent un mouvement mécanique dans un environnement contrôlé
